干細胞實驗室設計要滿足組織工程化、組織制備，臨床應用生物安全性，技術穩(wěn)定性、質(zhì)量可控性；還有組織工程化組織特定的工藝流程、技術特點，干細胞實驗室還要滿足無菌操作要求，避免污染。也會根據(jù)組織工程化組織特定的生產(chǎn)工藝流程和技術熱點。干細胞實驗室區(qū)域劃分為潔凈區(qū)、非潔凈區(qū)。潔凈區(qū)包含處理室、分離室、培養(yǎng)室、組織構建室、質(zhì)量控制室、消毒室、處理室等；非潔凈區(qū)包括組織學檢測室、分子生物學檢測室、 監(jiān)控中心、檔案室、資料室、儲存室等。

干細胞制備實驗室總平面布局應符合GB19489、GB50333、GB50346、GB50457的要求應有利于環(huán)保凈化、避免交叉污染等要求。建筑平面和間布局應具有適當?shù)撵`活性。主體結(jié)構的耐久性應與室內(nèi)裝備、裝修水平相協(xié)調(diào)。清潔物與污物的放置應嚴格分隔。潔凈區(qū)內(nèi)物品傳遞距離應盡可能短捷，清潔物與污物傳遞通道嚴格分開。